Jednoduchá zápletka se točí kolem dvou království, prince a princezny, který nemohou být spolu a otravných jedinců, kteří z Monkey Ball světa vysáli všechnu radost a smích. Princ a Princezna nemohou být kvůli hádce mezi svými říšemi spolu a tak se rozhodnou pro útěk do džungle, aby zde vyhledali členy Monkey Ball gangu, který jim jako jediní mohou pomoci dát vše do pořádku. Hráč však nebude ovládat všechny postavy najednou, ale vybere si logicky pouze jednu, přičemž k dispozici je AiAi, Meemee, Gorgon a Baby.
Každá z vybraných opiček disponuje unikátními schopnostmi, přičemž řada z nich se neobjevila v žádném z předchozích SMB titulů. Jde například o neviditelnost, přilepení se ke stěně. Základem hry je adventure mód rozprostřený skrze 5 stylově odlišných světů, kde tvůrci před hráče staví stále obtížnější úkoly vyžadující jako obvykle perfektní tming a zručnost při navigaci opičky. K dispozici bude i 50 nových puzzlů a 6 miniher, z nich tři jsou nové a ostatní třeba převzít z předchozích SMB titulů.
