Pokémon Mystery Dungeon: Gates to Infinity vás zavede do světa obývaného pouze Pokémony. I vy budete Pokémonem a můžete si vybrat zda se proměníte v Pikachua, Axewa anebo v jednoho ze startovních Pokémonů poslední generace – Snivy, Tepig a Oshawott.
Vašim úkolem bude probojovat se skrze velké, tajuplné a nebezpečné dungeony, které se objevili všude po světě. Přitom odhalíte ďábelský plán, který ohrožuje váš nový domov a všechny Pokémony, kteří v něm žijí. Pokud si myslíte, že si vymyslíte taktiku, nenechte se zmýlit. S každou novou hrou, s každým vstupem jsou dungeony vygenerovány znovu a tím se otevírají takřka nekonečně možnosti.
Kromě hlavních dungeonů, které se pojí k hlavní příběhové linii hry, objevují se i další, do kterých lze vstoupit pouze prostřednictvím tzv. Magnagates. To jsou portály, které mohou být aktivovány tím, že využijete vnějších kamer svého Nintenda 3DS a s nimi naskenujete kulaté předměty z reálného světa. Například fotbalový míč, pomeranč anebo ciferník hodin. Po zaktivování daného Magnagateu, se hráči promění v jasně daného Pokémona a v jeho podobě může vstoupit skrze portál do neznáma. Za úspěšně pokoření dungeonů získává hráč předměty a peníze, které najdou své využití v hlavním dobrodružství hry.
