Hra Lost Planet 2 je zasazena do období 10 let po skončení dramatického vývoje událostí původního dobrodružství. Po úspěšných terraformovacích zákrocích začaly tát planetární ledovce, které uvolnily prostor bujným tropickým džunglím a dalším novým prostředím. Příběh se rozvíjí mimo dosah Wayne Holdena, když hráči následují činy svérázných sněžných pirátů, kteří se snaží získat kontrolu nad E.D.N III.
