Příběh zavede hráče do USA, která je ochromena útoky. Jednotka Ghosts se setkává s nepřátelskou linií v několika misích. První mise (Into The Deep) se odehrává pod hladinou moře. Jednotky proplouvají se zbraní v hlubokém moři a likvidují nepřítele. Hráč se nyní ocitá spolu s parťáky v nepřátelském území, kde na něj čekají nebezpečné výbuchy. Ve druhé misi se hráč octne v Kalifornii, kde se odehrává zemětřesení, a spolu s bojovým psem Riley vyráží tiše likvidovat stráže a nepřátelské řady.
