Vyměňte těžký život assasína a přejděte na druhou stranu k templářským bratrům a jejich ideologii, která se snaží u obyvatel navodit řád a harmonii běžného života. To vše i přes ztrátu svobody a některých z lidských práv. Hrát budete za hrdinu Shaye, který po nezdařené akci zanevře na ostatní assasiny a po pokusu o jeho zavraždění přejde natrvalo k jejich největším nepřátelům templářům. Příběh hry je zasazen na apačské území v severní Americe, kde proti sobě stojí dvě znepřátelená vojska Francouzi a Britové, který pomáhají v bojích indiánští spojenci.
